脈沖袋式除塵器從清灰方式分，可分為在線清灰和離線清灰。
一、袋式除塵器在線清灰
高壓脈沖空氣從脈沖電磁閥通過輸氣管從濾袋中心上方的噴吹孔高速噴出，穿入濾袋上方的文丘里管的頸部，包括誘導的二次空氣，沖向濾袋內部，沿濾袋長度方向產生短促的脈沖壓力波，將沉積在濾袋表面上的粉塵剝離下來，粉塵落入灰斗，干凈氣體通過凈氣室排出機外。當電磁閥斷電時，脈沖電磁閥膜片關閉、止斷高壓脈沖氣流，一次清灰結束。
在線清灰的問題是高壓脈沖空氣生成的是與主氣流逆向的高壓氣流，其需要克服主氣流的阻力，其強度勢必被削弱，除塵器的有效過濾面積瞬時（毫秒計）減少。從工業角度看，此面積減少對工藝系統產生的影響是可以忽略不計的。
二、袋式除塵器離線清灰
布袋除塵器離線清灰要求除塵器設計為多室組合的形式，實現逐室清灰，當某過濾室需要清灰時，該過濾室與主氣流隔離開來，過濾室被隔離是通過設置在進氣口或者出氣口的閥門實現的。這個過程大約保持2～3min。
由于清灰和過濾分開，因而清灰時不易產生二次吸附，有利于粉塵的沉降，清灰效果好。離線清灰所需壓縮空氣量減少，節省電能。清灰效率高，除塵器能保持較低的壓力降，使除塵系統的運行費用下降。
離線清灰的缺陷：
離線清灰必須設置離線閥。離線閥不但增加成本和故障點，同時增加了機械阻力。據估算，當離線閥的風速在10m/s時，閥本身加煙氣的轉向等阻力將達到100Pa以上。
對整臺布袋除塵器來說，總有一個室的過濾面積在離線和在線兩種狀態下轉換，因而整機阻力波動較大，分室數越少這種波動越大，會影響工藝系統的操作。
由于經常有一個室的過濾面積在離線狀態下不參加過濾，降低了有效過濾面積，會增大基建投資。
在線清灰和離線清灰都有各自的優缺點。
目前國際上比較提倡的是在線清灰結構，從清灰效果上看，只要采用側進氣方式，粉塵沉降方向與煙氣流動方向垂直或一致，在線清灰與離線清灰并沒有明顯差別。